Los dos sistemas operativos compiten por el usuario básico en el mercado de las computadoras personales así como el mercado de los servidores, y se utilizan en agencias del gobierno, escuelas, oficinas, hogares, servidores de intranet y de internet, supercomputadoras y sistemas integrados.
Windows domina el mercado de las computadoras personales y de escritorio (90%).
En la cuota de renta de servidor del mercado 4 (en el cuarto trimestre de 2007) Windows logró 36,3% y Linux logró 50,9%.
En noviembre de 2007, Linux era el sistema operativo del 85% de las supercomputadoras más poderosas (comparado con el 1,2% de Windows. En febrero de 2008, cinco de las diez empresas más confiables proveedoras de internet usaban Linux, mientras que sólo dos usaban Windows.
Linux y Windows varían en filosofía, costo, facilidad de uso, flexibilidad y estabilidad, aunque ambas buscan mejorar en sus áreas débiles. Las comparaciones de los dos tienden a reflejar los orígenes, la base histórica del usuario y el modelo de distribución de cada una. Típicamente, algunas áreas mayores de debilidades percibidas regularmente citados han incluido el valor práctico "out-of-box" pobre del escritorio de Linux para el mercado popular y la estabilidad pobre de sistema para Windows. Ambos son áreas del desarrollo rápido en ambos campos.
Los defensores de software libre discuten que la fuerza clave de Linux es que respeta lo que ellos consideran ser las libertades esenciales de usuarios: la libertad de correrlo, estudiarlo y cambiarlo, y para redistribuir copias con o sin cambios.
Dificultades en comparación de Windows y Linux
Varios factores puede hacer difícil comparar a Windows y a Linux:
- El término Linux puede tener diferentes significados. En algunos casos, se refiere a un sólo núcleo del sistema en otros casos el término Linux puede referirse a Distribución Linux.
- A ambos le entran ediciones diferentes, cada una con funcionalidades diferentes (por ejemplo Escritorio y las Ediciones Multimedias). Linux, en particular, tiene un número vasto de distribuciones, inclusive muchos que son especializados sumamente para tareas específicas de trabajo. Allí también varían bastante las versiones de "Windows". Uno puede decir "Windows corre en computadoras viejas" (Windows 95), "Windows tiene la capacidad de multimedia moderna" (Windows Vista) y "Windows es un sistema operativo de Server" (Windows Server 2008), pero si dudoso o no, estas afirmaciones no se aplican necesariamente a la misma versión de Windows, haciendo así más difícil comparar un Windows con un Linux.
- El precio y el apoyo para ambos sistemas varían basado en ediciones, en los distribuidores, y en los productos del fabricante de origen
- Los mayores vendedores de nuevas computadoras también pueden elegir añadir software utilitario adicional además del sistema operativo instalado. Adicionalmente, algunos fabricantes de origen reciben el pago de los vendedores de este software, que ellos pueden utilizar para reducir el precio general al comprador.
- La anterior medida produce reclamos acerca de cada sistema operativo a nivel de tácticas de marketing. Por estos hechos algunas empresas han sido investigadas en el pasado.
- Microsoft vende copias de Windows bajo diferentes licencias (generalmente es una moda cerrada de fuente, pero ocasionalmente en niveles diferentes de la fuente compartida). Igualmente, la mayoría de las distribuciones de Linux contienen algún software propietario cuando es necesario (por ejemplo para algunos controladores de interfaz).